Hallo Frya,
Toll, das ihr euer Getreide selber anbaut!
Was das Mahlen angeht: Natürlich hast du, wenn du selbst mahlst, alle Bestandteile des Korns in deinem Mehl. Wahrscheinlich weisst du schon, was die unterschiedlichen Mehltypen aussagen. Falls nicht, hier ist eine ganz gute Erklärung :
Mehltypen.
Meine Mühle (Jupiter Motorblock mit Messerschidt Stahlmahlwerk) mahlt recht "fein" ordentlich. Zu meinem Erstaunen sogar besser als die Gewerbemühle unseres ehemaligen Bioladens. Es bleiben aber trotzdem, Kleieanteile sichtbar übrig. Das wirst du aber mit jeder Mühle haben. Halt mehr oder weniger viel. Der Kleieanteil deines Mehles beeinflusst die Backeigenschaften. Einen feinen Bisquitteig wirst du mit einem selbst gemahlenen Mehl nicht hin bekommen. Deshalb siebe ich die Kleieanteile je nach Bedarf aus. Bei der Weihnachtsbäckerei benütze ich das selbst gemahlene Vollkornmehl zum Beispiel ohne Probleme beim Spritzgebäck oder auch beim Spekulatius. Das schmeckt uns sehr gut. Bei den Butterplätzchen siebe ich aus. Da stört die Kleie geschmacklich.
Jetzt muss man die Kleie nicht wegwerfen. Ich benutze sie wie Paniermehl oder gebe auch schon mal was zusätzlich zum Brot.
Prinizpiell kann man sagen, dass Vollkornmehl mehr Wasser braucht als Weissmehl. Je mehr Kleie/Spelzen drin sind, um so mehr. Das gilt für alle Rezepte. Auch für Brot. Je mehr Kleie drin ist, um so schwieriger ist es "leichte" Teige hin zu bekommen. Bei Brot kann man das mit Erfahrung bei der Teigführung schon mildern, aber ein Typ 405 Brot wird immer "leichter" sein als ein Vollkornbrot. Davon schrieb ja auch die Spottdrossel schon. Das ist letztendlich eine Geschmacksfrage, die man ohne Probleme mit Aussieben der Kleie in den Griff bekommen kann. Vom Gesundheitlichen Wert ist für mich vor allem der Keimling interessant. Und einen guten Anteil der Kleie, die ja sehr viel Mineral- und Balaststoffe beinhaltet, ist ja trotzdem im Brot oder wird in anderer Form gegessen.
Wahrscheinlich wirst du am Anfang ein bisschen rumprobieren müssen, was für euch passt.
Du kennst ja schon den gekauften Teig. Das Gefühl diesen Teig zu kneten wird dir sicherlich helfen ein eigenes Rezept zu finden. Ich meine dabei vor allem die Elastizität und die Feuchtigkeit des Teiges abschätzen zu können.
Beides ist jedoch sehr abhängig von der Art des Getreides und der Teigart. Mit Teigart meine ich Heefebrot oder Sauerteigbrot.
Ich nehme mal an, dass du bisher Sauerteigbrot gemacht hast. In diesem Forum gibt es sehr viele Informationen und Rezepte dazu :
Sauerteigforum.
Backen mit Weizen oder Dinkel :
Diese Teige sind eher "elastisch". Das liegt an ihrem höheren Glutenanteil. Wie Sabine es schon schrieb, ist der für das Gelingen sehr wichtig. Gluten nennt man auch Klebereiweiss, damit wird klar welche Funktion es im Brot hat. Ist zu wenig Gluten im Getreide, wird das Brot eher bröckelig. Hartweizen hat mehr Gluten als Weichweizen. Aber man kann ohne Probleme auch Brot aus Weichweizen oder Dinkel machen. Nur muss man dann mehr kneten. Deshalb ist das Gefühl für den Teig wichtig. Mit ein bisschen Erfahrung merkt man, ob man genug geknetet hat oder nicht.
Backen mit Hafer:
Hafer hat sehr wenig Klebereiweiss. Ein reines Haferbrot wird meiner Meinung nach nicht klappen. Aber man kann es beigeben. Entweder als Mehl oder als Flocken. Da hält man sich am Anfang wohl am besten an Rezepte, damit das Brot nicht auseinanderfällt.
Backen mit Roggen :
Reines Roggenbrot ist nicht so einfach. Roggen hat nicht so viel Klebereiweiss. Das Brot wird schon mal leicht bröckelig. Mischbrote mit Weizen sind da schon einfacher. Ich würde erst mal mit Mischbroten anfangen.
Der reine Roggen-Teig ist nicht so homogen wie Weizenteig und bleibt auch mehr an den Händen kleben. Er braucht nicht viel geknetet werden. Ein gutes Durchmischen der Zutaten ist Ausreichend.
freigeschobenes Brot versus Kastenbrot
Freigescohbene Brote haben für mich immer eine schönere Kruste. Aber mir laufen die freigeschobenen Brote immer auseinander. Das ist eigentlich kein Problem - ausser für die Brotdose.

Da ich gerne ein quadratisches Format für die Brotdose möchte, wir aber auch sehr gerne Brot mit Kruste essen, habe ich eine Mischform für uns entdeckt; Am Anfang backe ich in einer Form. Hole es aber nach der Hälfte der Backzeit raus (E-Herd) und lasse es dann noch mal ohne Form backen um eine schönere Kruste zu bekommen.
Achtung bei Sauerteig und Form. Die Form muss Sauerteig abhaben können!
Falls du in der Nähe vom Niederrein wohnst - Zaches (hier im Forum) bietet dort Brotbackkurse an...